Компания «ИКС Холдинг» была создана предпринимателем Антоном Черепенниковым. Холдинг объединил его активы в сфере информационных технологий: группы компаний «Цитадель», «Форпост» и «Криптонит».
Первым приобретённым активом «ИКС Холдинга» стала компания Nexign, разработчик IT-решений для телекоммуникаций.
В начале 2019 года Холдинг приобрёл контрольную долю в компании YADRO, российском разработчике и производителе вычислительных систем и систем хранения данных.
28 ноября 2019 года «ИКС Холдинг» объявил о создании предприятия «ИКС Холдинг Казахстан» (ICS Holding Qazaqstan) совместно с казахстанскими компаниями CyberSystems и CyberGate.
По итогам 2019 «ИКС Холдинг» стал крупнейшим поставщиком ИТ-оборудования для операторов связи в России.
«ИКС Холдинг» вошел в состав USM Telecom.
2 марта 2022 года стороны объявили о сделке, в результате которой «ИКС Холдинг» вышел из состава USM. В холдинге остались компании YADRO, «Криптонит», группа компаний «Цитадель» и проекты, связанные с созданием низкоорбитальной спутниковой системы передачи данных.
27 июня запущена первая миссия низкоорбитальной спутниковой системы связи. Три космических аппарата миссии «Рассвет-1» успешно вышли в открытый космос для проведения орбитальных экспериментов, валидации ключевых технологий и получения летной квалификации.
В июле рейтинговое агентство «Эксперт РА» присвоило Холдингу рейтинг кредитоспособности на уровне ruA- , прогноз стабильный. Агентство ожидает сохранения высоких показателей рентабельности на горизонте 2 лет от отчетной даты.
АКРА также присвоило Холдингу кредитный рейтинг А-, прогноз «стабильный» и предполагает с высокой долей вероятности неизменность рейтинга на горизонте 12–18 месяцев.
